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北京基因组所(国家生物信息中心)宣布同源基因数据库HGD

  同源基因是指泉源于配合祖先的基因 ,常用于研究基因进化历程以及推断基因的潜在功效 ,在进化基因组研究以及系统生物学的功效研究中具有主要价值。

  克日 ,永利集团(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心正式宣布同源基因数据库(Homologous Gene Database ,简称HGD) ,以“HGD: an integrated homologous gene database across multiple species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线揭晓。

  HGD整合了国际上多个同源资源数据集 ,解决了目今同源资源库在同源关系和同源基因标识方面保存差别、同源推断要领多样以及部分数据库同源基因判断效果纷歧致带来的困扰 ,为用户提供了一个综合、周全、简朴、直观的同源基因数据集 ,利便用户使用。HGD提供物种间较量的同源基因功效注释图谱 ,包括基因功效数据(GO)以及性状、变异、表达相关的多组学注释数据 ,为跨物种同源基因功效较量研究提供统一面板。现在 ,HGD共网络了人、常见动植物以及微生物共37个物种 ,其中包括10种主要模式生物。数据库共收录112,383,644个同源对 ,其中16,909个同源基因关联表型数据 ,276,670个同源基因关联变异数据 ,398,573个同源基因关联表达数据 ,536,852个同源基因关联GO数据 ,用户可以通过物种名、基因ID、基因功效、卵白ID、卵白名以及相关注释等多种条件举行数据检索和筛选。

  HGD实现了国家基因组科学数据中心(NGDC)Genome Variation Map (GVM)、Gene Expression Nebulas (GEN)和GWAS Atlas多个数据资源库的信息关联与集成 ,切实验展并体现了NGDC资源群集的效果和优势 ,同时也填补了我国在主要生物信息资源建设方面的空缺。

  永利集团(国家生物信息中心)博士研究生段光亚及硕士研究生吴港澳为本文配合第一作者 ,唐碧霞工程师和赵文明正高级工程师为配合通讯作者。本事情获得永利集团战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发妄想等项目资助。

  论文链接

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HGD数据库浏览、检索及数据展示

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